独立行政法人(農林水産省所管)の年収・ボーナス(2011年)
総務省の独立行政法人の役職員の給与等の水準（平成23年度）によると2011年度の農林水産省所管独立行政法人(常勤職員)の年間給与・賞与は次のようになっています．
| 事務・技術職員 | 平均年間給与 | うち賞与 | 平均年齢 | 対象人数 |
| 農林水産消費安全技術センター※ | 658.9万円 | 163.4万円 | 43.9歳 | 534人 |
| 種苗管理センター | 638.4万円 | 154.5万円 | 44.4歳 | 210人 |
| 家畜改良センター | 625.0万円 | 155.4万円 | 43.4歳 | 267人 |
| 水産大学校 | 602.6万円 | 150.4万円 | 45.4歳 | 29人 |
| 農業・食品産業技術総合研究機構 | 640.7万円 | 161.2万円 | 44.1歳 | 525人 |
| 農業生物資源研究所 | 629.5万円 | 159.9万円 | 42.3歳 | 66人 |
| 農業環境技術研究所 | 638.3万円 | 162.2万円 | 43.2歳 | 26人 |
| 国際農林水産業研究センター | 705.2万円 | 178.2万円 | 46.1歳 | 29人 |
| 森林総合研究所 | 661.5万円 | 164.5万円 | 44.0歳 | 566人 |
| 水産総合研究センター | 607.0万円 | 147.1万円 | 42.3歳 | 233人 |
| 農畜産業振興機構 | 761.7万円 | 191.5万円 | 41.7歳 | 162人 |
| 農畜産業振興機構(年俸制) | 1,260.9万円 | 351.8万円 | 53.8歳 | 3人 |
| 農業者年金基金 | 753.2万円 | 186.0万円 | 43.8歳 | 49人 |
| 農林漁業信用基金 | 750.1万円 | 186.8万円 | 43.6歳 | 80人 |
| 研究職員 | 平均年間給与 | うち賞与 | 平均年齢 | 対象人数 |
| 農業・食品産業技術総合研究機構 | 857.7万円 | 204.2万円 | 45.6歳 | 1,327人 |
| 農業生物資源研究所 | 932.7万円 | 222.4万円 | 48.1歳 | 216人 |
| 農業環境技術研究所 | 936.0万円 | 225.8万円 | 47.6歳 | 100人 |
| 国際農林水産業研究センター | 913.9万円 | 216.2万円 | 48.0歳 | 112人 |
| 森林総合研究所 | 891.4万円 | 211.3万円 | 46.5歳 | 418人 |
| 水産総合研究センター | 829.4万円 | 196.0万円 | 47.2歳 | 452人 |
※印のある法人は特定独立行政法人（公務員型）であり，役職員が国家公務員の身分を有します
各独立行政法人職員の給与水準
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